La estructura de gobernanza del Consejo Regulador está organizada de forma piramidal. Sus principales órganos de decisión, dirección y ejecución son:
La Asamblea General de Socios es la instancia máxima de decisión, responsable de elegir a los miembros del Consejo Directivo. El Consejo Directivo es el principal órgano de dirección de la entidad y está constituido por 9 miembros equilibrados funcional y territorialmente, con derecho a voz y a voto, e integrado de la siguiente forma:
El Consejo Directivo está compuesto por dos representantes de las organizaciones de caficultores de cada una de las tres provincias abarcadas por la Denominación de Origen (San Cristóbal, Peravia y Ocoa), seleccionados por las organizaciones de caficultores pertenecientes a cada provincia; un (1) representante de los beneficiadores, un (1) representante de los exportadores y (1) un representante de los industrializadores.
Para el cumplimiento de sus fines y la administración cotidiana de sus plantes y proyectos, el Consejo Regulador cuenta con una Dirección Ejecutiva cuyo personal es elegido por el Consejo Directivo.